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現在の日本のカトリック教会ではミサの聖書朗読をはじめ、カトリック出版物の聖書引用なども、すべて新共同訳聖書が使われるようになった。例外はミサの答唱詩編で歌う詩編であり、ここではカトリック中央協議会の典礼委員会訳が用いられている。
新共同訳聖書はカトリックとプロテスタントが共同して翻訳に取り組んだ聖書で、1987年に初版が出版された。これは第二バチカン公会議以降のエキュメニズム（教会一致運動）の流れに沿うものである。
「神の啓示に関する教義憲章」（啓示憲章）も「分かれた兄弟たち（プロテスタントのこと）との協力による訳が必要であり、教会当局の承認を得て行われるならば、すべてのキリスト者はそれを利用することができる」（22項）と共同訳を奨めている。
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教会は「神ご自身が聖書をお書きになった」と教える（コンペンディウム設問18）。
即ち、聖書は聖霊の霊感によって書かれた書で、「聖書の正典とは、教会が聖伝を通して承認するに至った、神聖な記述の完全な目録なのです」と定義し、旧約聖書で46書、新約聖書で27書が正典と教えている（設問20）。
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では、カトリック教会が教える旧約聖書の46正典とは、新共同訳聖書ではどれなのか？この質問に正しく答えることは、簡単ではない。
新共同訳聖書の目次には、旧約聖書として39の書が並んでおり、旧約聖書続編のところに13の書が載っている。この二つを合計すると52の書になってしまう。
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新共同訳聖書から旧約聖書の46正典を選び出す手順は次の通りである。
①旧約聖書目次の17番目の「エステル記」をはずし、代わりに続編目次3番目の「エステル記」（ギリシャ語）と入れ替える。
②旧約聖書目次27番目の「ダニエル書」に続編目次の10番目の「ダニエル書補遺」の三つの書を引っ付けて1つの書とし、これを「ダニエル書」とする。
③続編目次8番目の「バルク書」と続編9番目の「エレミヤの手紙」を一つにして「バルク書」とする。
④続編目次11番目の「エズラ記」（ギリシャ語）、12番目「エズラ記」（ラテン語）、13番目「マナセの祈り」の三つは外典と呼ばれるもので旧約聖書の正典ではないので目次から外す。
⑤上記の手順を踏んだ上で、「トビト記」「ユディト記」「マガパイ記１」「マガパイ記２」「知恵の書」「シラ書」「バルク書」の七つの書を旧約聖書目次に加えると、カトリック教会のいう旧約聖書の４６正典となる。（①-⑤はWikipedia百科事典「諸教派の旧約聖書配列の一覧」を参考にした）
⑥新共同訳聖書の旧約聖書続編にある上記七つの書を、旧約聖書目次のどこに配置するかの問題があるが、ここでは省略する。カトリック教会の旧約聖書は伝統的に「歴史書21書」（最初の5書をモーセ5書として特別に扱う場合が多い）、「知恵の書7書」、「預言書18書」の三つに区分している。
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以上のような厄介な手順を踏まないと教会の教える旧約聖書の46正典を見出すことが出来ないことからも判るように、新共同訳聖書はカトリック教徒も「それを利用することができる」（啓示憲章22項）ではあるが、「カトリック教会の聖書」ではない。
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では、カトリック教会の旧約聖書正典46書と新共同訳聖書の旧約聖書39書の差は何に由来するのか。カトリック教会は、紀元前3世紀から前1世紀にかけて（ヘブライ語聖書から）ギリシア語に翻訳された七十人訳聖書（セプトゥアギンタSeptuaginta）のラテン語訳（聖ヒエロニムスによるヴルガタ訳）聖書に含まれるすべての文書（46書）を、1546年トリエント公会議で旧約聖書の正典と決定した。
一方、新共同訳聖書の旧約39書はプロテスタントで正典とされているもので、ユダヤ教のヘブライ語聖書を原典としている（ユダヤ教では39書を24書と数える）。ヘブライ語聖書は前6世紀頃からモーセ5書の規範化が始まり、前2世紀には預言書の正典の範囲がきまり、最終的に紀元1世紀の末のヤムニア会議でその他の諸書も含めたヘブライ語聖書の正典の範囲が確定された（岩波キリスト教辞典）。
ユダヤ教徒が紀元1世紀末に聖書の正典を確定させた時代背景として紀元70年のローマ帝国によるエルサレムの神殿の徹底破壊が考えられる。ユダヤ人の精神的な支えであった聖なる神殿が消滅してしまったあとに、アイデンティティを保つものは聖書以外になく、これが正典を確定させた大きな理由であったと想像される。また急速に増えるキリスト教徒に対する反発もあったにちがいない。正典を確定したヤムニア会議ではキリスト教を排斥すると同時にギリシャ語聖書（七十人訳聖書）も排除された（Wikipedia百科事典）。
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旧約聖書の正典の根拠をカトリック教会では七十人訳聖書（ギリシャ語聖書）に置き、プロテスタント（或いは新共同訳聖書）ではヘブライ語聖書に置くと聞けば、一見、ヘブライ語聖書を正典とする方が正しいように感じられるが、問題はそんなに単純ではない。
①ギリシャ語聖書はなぜ生まれたか。前586年にバビロニア帝国によるユダヤ民族の捕囚により民の多部分はバビロニアに入植させられた。前537年には捕囚が解かれたが、イスラエルの地に帰還しなかったユダヤ人も多数いたが、これらイスラエルの地以外に住んでいるユダヤ人（とその共同体）をディアスポラと呼ぶ。この人たちはヘブライ語を解することできなかった。その後、ディアスポラは、ユダヤ教に改宗する人々を含め、ギリシャ世界の各地に広がり、人口も増大し、ユダヤ社会にあって重要な地位をしめていた。ディアスポラは決して傍流の人たちではなかった。この人たちのための聖書が七十人訳聖書である（Ｓ・サフライ著
サンパウロ刊「キリスト教成立の背景としてのユダヤ教世界」第2章）。
②原始キリスト教会の聖書は七十人訳聖書（ギリシャ語聖書）であった（日本基督教団刊「聖書辞典」）。
③新約聖書における旧約引用は主として七十人訳による（岩波キリスト教辞典）。事実、新共同訳聖書の末尾にある付属の「新約聖書における旧約聖書からの引用箇所一覧」を見れば、そのことがよく判る。この一覧でＬＸＸの印がついている所は、七十人訳聖書にしか出ていないことを示している。七十人訳聖書を否定してしまえば、新約聖書をも否定してしまうことになる。
④七十人訳は旧約聖書の現存するヘブライ語写本よりはるかに古いので、本文批判などで不可欠の資料となっている（岩波キリスト教辞典）。
⑤但し、カトリック教会内でもトリエント公会議まではヘブライ語聖書とギリシャ語聖書とを区別しようとする意識があった（ラテン語訳の訳者ヒエロニムスはヘブライ語聖書のみを正典とした）ことは疑いない（前掲聖書事典）。だからヘブライ語聖書にはない、「トビト記」「ユディト記」「マガパイ記１」「マガパイ記２」「知恵の書」「シラ書」「バルク書」の七つの書を第二正典（deuterocanon）と名付けている。